A administração da Universidade de São Paulo se dá por diversas comissões e órgãos colegiados, que possuem competências específicas e deliberam sobre os principais temas de interesse da comunidade universitária.
- CO (Conselho Universitário): O Conselho Universitário é o órgão colegiado máximo da USP, com funções normativas e de planejamento, cabendo-lhe estabelecer a política geral da Universidade para que ela atinja seus objetivos. É presidido pelo reitor da Universidade.
- Conselho Gestor do Campus: O Conselho Gestor tem como funções de destaque promover o entrosamento das atividades comuns de interesse das unidades integrantes do Campus; aprovar proposta orçamentária da Prefeitura do Campus; propor o plano de obras e reformas de interesse comum do Campus; e deliberar sobre a ocupação e utilização de bens imóveis e áreas comuns existentes no Campus.
- Congregação (CON): É o órgão colegiado máximo do instituto ou unidade. Ela é responsável por propor a criação ou reformulação de cursos, habilitações ou ênfases; aprovar a criação/inclusão e extinção/exclusão de disciplinas, alteração da duração ideal, mínima e máxima de cursos, alteração do nome dos cursos; propor ao Conselho Universitário a criação, transformação ou extinção de Departamentos. Cabe recurso à Congregação da Unidade de Ensino de quaisquer decisões dos Departamentos e das Coordenações de Curso.
- Conselho Técnico-Administrativo (CTA): É o Conselho que zela por aprovar e administrar o orçamento da unidade. Compete ao CTA opinar sobre a criação, modificação e extinção de departamentos bem como propor a criação de cargos e funções docentes. Além disso, o CTA deve deliberar sobre contratação, relocação, dispensa e afastamento de docentes e servidores.
- Comissão de Graduação (CG): É o órgão da unidade responsável pelos seus cursos de graduação. Cada curso tem um coordenador (que faz parte da CG). Lá são deliberados sobre os recursos apreciados pelas CoCs; estabelecimento de convênios com empresas para estágio; definição de períodos de recuperação, trancamento de matrícula, e de critérios gerais de interesse dos cursos de graduação. A CG deve submeter à Congregação questões relativas ao número de vagas de cada curso e critérios de transferência, de estágios, de avaliação das disciplinas e de jubilamentos.
- Comissão de Pós-Graduação (CPG): É a comissão que dispões das mesmas atribuições da Comissão de Graduação, voltada, contudo, para a pós-graduação.
- Comissão de Cultura e Extensão Universitária (CCEx): Essa Comissão é a instância que planeja, coordena e executa os eventos de cultura e extensão da unidade. Isto é, é responsável por propor à CON as diretrizes de cultura e extensão universitária para a sua respectiva unidade. A CCEx deve também fomentar e apoiar os programas de cultura e extensão, desenvolvidos pelos alunos de graduação e pós-graduação, destacando programas que considerem a cultura na sua dimensão mais ampla, com o objetivo de promover a integração social da população universitária e desta com a sociedade.
- Comissão de Pesquisa (CPq): A CPq tem como missão estimular e propor estratégias e diretrizes para a realização de pesquisas avançadas e multidisciplinares, estabelecendo relações entre Pesquisa, Extensão, Graduação e Pós-Graduação. Compete à CP traçar as diretrizes, fomentar e zelar pela execução dos programas de pesquisa propondo normas para ordenação de atividades de interesse geral para a sua unidade. Além disso, é de responsabilidade da Comissão de Pesquisa promover a análise do funcionamento dos programas de pesquisa da unidade.
- Comissão Coordenadora de Curso (CoC): A CoC é o órgão colegiado responsável pela administração de um curso de graduação. Ela deve analisar a pertinência do conteúdo programático de cada disciplina; propor a grade horária semestralmente; promover o aperfeiçoamento constante do ensino, no que diz respeito à adequação curricular, melhoria e implantação de laboratórios didáticos, biblioteca e recursos didático-pedagógicos; julgar recursos de matrícula ou recuperação fora do prazo, projetos de intercâmbio e, também, processos de jubilamento.
- Conselho de Departamento (CD): O CD é um órgão colegiado que tem por principais responsabilidades definir as áreas de competência em ensino, pesquisa e cultura e extensão universitária do Departamento; propor a criação e oferecimento de disciplinas e programas de pesquisa nas áreas de competência e zelar pelo ensino; propor convênios de intercâmbio; e cuidar da manutenção e aprimoramento tanto do espaço físico do Departamento quanto dos seus docentes.
CAASO 